Keberadaan Fakultas Dharma Acarya dimulai dari didirikannya APGHN Denpasar pada 25 Mei 1993, melalui SK Menteri Agama No 58B tahun 1993.APGHN saat itumemiliki 2 program studi yaitu Diploma 2 dan Diploma 3 Pendidikan Agama Hindu.Seiring usaha untuk meningkatkan kualitas pendidikan Hindu, maka pada 3 Maret 1999 melalui Keputusan Presiden RI Nomor 20 Tahun 1999, APGHN memperoleh peningkatan status menjadi SekolahTinggi Agama Hindu Negeri Denpasar (STAHN). Dengan tidak mengenal lelah, STAHN Denpasar terus berbenah untuk mencapai status yang lebih tinggi. Atas berkat Sang Hyang Widhi, maka segala usaha ini terbayar lunas dengan terbitnya Peraturan Presiden No 1 Tahun 2004 mengenai Perubahan STAHN menjadiInstitut Hindu Dharma Negeri Denpasar.
Melalui PeraturanPemerintah No 1 tahun 2004 inilah secara administrasi FakultasDharma Acarya lahir dengan dua jurusan, Yaitu Jurusan Pendidikan Agama Hindu dengan program studi pendidikan agama hindu dan Jurusan Pendidikan Bahasa dan Sastra Agama dengan program studi sastra agama dan pendidikan bahasa bali. Kemudian padaTahun 2015, Fakultas Dharma Acarya mengembangkan lagi 2 jurusan pendidikan seiring dengan semangat PMA 56 tahun 2014 tentang Pendidikan Keagamaan Hindu. Jurusan itu adalah jurusan Pendidikan Guru Pendidikan Anak Usia Dini Hindu dan Pendidikan Guru Sekolah Dasar Hindu.
