Embrio keberadaan UHN I Gusti Bagus Sugriwa Denpasar, atas perjuangan Dirjen Bimas Hindu dan Buddha baik pada masa kepemimpinan Bapak Drs. I Gusti Agung Gede Putra maupun Bapak I Ketut Pasek, yang didukung sepenuhnya oleh Gubernur Bali dan pejabat terkait di tingkat pusat dan daerah, maka pemerintah c.q. Menteri Agama mengeluarkan surat Keputusan No. 58 B tanggal 25 Mei 1993 tentang Pendirian Akademi Pendidikan Guru Agama Hindu Negeri (APGAHN) Denpasar, yang diresmikan oleh Bapak Dr. dr. Tarmisi Taher. Untuk pertama kalinya APGAHN Denpasar membuka Program Studi Diploma 2 (D.2) dan Diploma 3 (D.3) Jurusan Pendidikan Agama Hindu. Berdirinya APGAHN Denpasar penyelenggaraannya menghadapi banyak kendala yang disebabkan karena berbagai keterbatasan.
Dalam rangka mengatasi kendala itu, upaya pembenahan dan peningkatan terus diupayakan, baik yang menyangkut pembenahan fasilitas pendukung proses belajar mengajar maupun yang menyangkut komponen-komponen pendidikan lainnya. Tugas pertama dari Direktur APGAH Negeri Denpasar pada waktu itu adalah merekrut tenaga pengajar maupun tenaga administrasi yang diambil dari mantan guru-guru agama dan karyawan PGAHN Denpasar yang telah dipindahkan menjadi Pegawai Kanwil Departemen Agama Provinsi Bali.
Pada tanggal 9 Desember 1994 terjadi pergantian direktur dari Drs. I Gede Sura kepada Drs. I Nyoman Warjana. Meskipun terjadi pergantian pejabat direktur, namun kebijakan dan program yang telah dicanangkan tetap dilanjutkan oleh Direktur yang kedua, terutama dalam hal pengadaan dosen biasa dan luar biasa serta mengusulkan adanya tenaga dosen tetap, memantapkan pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi, pengembangan fasilitas fisik dan lain sebagainya.
Pada tanggal 21 Juni 1996, Bapak Drs. I Nyoman Warjana diganti oleh Bapak Drs. I Gusti Made Ngurah sebagai Direktur yang ke tiga. Bapak Drs. I Gusti Made Ngurah melanjutkan tugas Direktur APGAHN Denpasar dengan melakukan berbagai terobosan ke depan untuk memajukan APGAHN Denpasar. Salah satu di antaranya adalah mengusulkan peningkatan status APGAHN Denpasar menjadi Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Denpasar, yang perjuangannya telah dimulai sejak tanggal 20 September 1996. Perjuangan yang dilakukan tampaknya memperoleh dukungan penuh dari mantan Menteri BKKBN dan Kependudukan (Prof. Dr. Ida Bagus Oka), Dirjen Bimas Hindu dan Buddha (Mayjen Ir. I Wayan Gunawan), Gubernur Bali (Drs. I Dewa Made Beratha), Pengurus Parisada Hindu Dharma Indonesia Pusat dan para pejabat terkait di tingkat Pusat dan Daerah serta LSM Hindu. Atas berbagai upaya yang telah dilakukan, maka pada tanggal 3 Maret 1999 keluarlah Keputusan Presiden RI Nomor 20 Tahun 1999 tentang pendirian Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Denpasar yang ditandatangani oleh Presiden RI (Prof. Dr. BJ Habibie).
Dalam Kepres RI tersebut Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Denpasar diperkenankan membuka empat jurusan, yaitu: Jurusan Pendidikan Agama Hindu, Penerangan Agama Hindu, Hukum Agama Hindu dan Jurusan Filsafat Agama Hindu.Pada tanggal 10 April 1999 Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Denpasar diresmikan oleh Bapak Menteri Agama Prof. Drs. Malik Fajar, M.Sc.
Sekolah Tinggi Agama Hindu pada masa tersebut juga mengelola Program Magister dengan konsentrasi Brahma Widya (tahun 2001-2002) serta Program Studi Dharma Acarya/Pendidikan Agama Hindu, pengelola pertama PPs STAHN Denpasar adalah Bapak Prof. Dr. Dewa Komang Tantra, M.Sc (sebagai Ketua PPs STAHN Denpasar) dan Drs. Made Redana, M.Si (sebagai Sekretaris PPs STAHN Denpasar), dan keduanya merangkap sebagai Ketua dan Sekretaris Prodi Brahmawidya (Teologi Hindu). Pengelola PPS untuk pertama kalinya menemui banyak kendala terutama menyangkut dukungan internal dan ekternal kampus, sehinggga seringkali penyelenggaraan TUPOKSI PPs menghadapi tantangan material dan non material.
Meskipun beragam tantangan dan hambatan yang dihadapi stakeholder bertekad untuk membangun visi masa depan Program Pascasarjana, sebagai kristalisasi komitmen dan tanggungjawab terhadap peningkatan kualitas akademik dan profesional guru dan dosen, yang sepadan dengan tuntutan dan karakteristik zaman globalisasi. Upaya peningkatan institusi terus dilakukan, maka pada tanggal 8 Nopember 2004 terbit peraturan Presiden No.1 Tahun 2004 tentang Perubahan STAHN Denpasar menjadi Institut Hindu Dharma Negeri Denpasar, dan selanjutnya diresmikan pada tanggal 23 Maret 2005 di Bangli oleh Menteri Agama (Bapak HM. Basyuni).
Usaha peningkatan institusi tidak berhenti sampai di sana. Para stakeholder senantiasa mengusahakan peningkatan institusi sebagai bentuk usaha di dalam menjawab perkembangan zaman dan ikut memberikan solusi atas berbagai persoalan yang ada di masyarakat. Upaya tersebut membuahkan hasil dengan diterbitkannya Peraturan Presiden Nomor 20 Tahun 2020 tentang universitas Hindu Negeri I Gusti Bagus Sugriwa Denpasar. Hal tersebut menjadi tonggak sejarah dengan lahirnya Universitas Hindu pertama di Indonesia.
Lokasi kampus UHN I Gusti Bagus Sugriwa Denpasar terdapat di empat tempat, Jalan Ratna Nomor 51 Denpasar adalah lokasi Rektorat, Fakultas Dharma Acarya, dan Fakultas Dharma Duta, Jalan Kenyeri Nomor 57 Denpasar adalah lokasi Program Pacasarjana, Jalan Kenyeri Gang Sekar Kemuda adalah lokasi Fakultas Brahma Widya, dan satu kampus terdapat di kota Bangli tepatnya di Jalan Nusantara. UHN I Gusti Bagus Sugriwa Denpasar saat ini memiliki tiga fakultas dan satu program pascasarjana, yaitu: